1998年出任中国国际电子商务中心国富通信息技术发展有限公司总经理；
1999年3月，马云正式辞去公职，凑够50万元人民币，开始了新一轮创业，开发阿里巴巴网站，并担任阿里集团CEO、董事局主席；
2004年12月，马云创立第三方网上支付平台支付宝；
2013年5月10日，辞任阿里巴巴集团CEO，继续担任阿里集团董事局主席；6月30日，马云当选全球互联网治理联盟理事会联合主席；
2014年9月19日，阿里巴巴集团于纽约证券交易所正式挂牌上市；
2015年11月4日，马云名列《福布斯》全球最有权力人物排行榜第22位；
2017年12月15日，马云以2700亿元人民币财富位居2018年胡润百富榜第一位；
2018年12月18日，党中央、国务院授予马云同志改革先锋称号，颁授改革先锋奖章；
2019年9月10日，马云将卸任集团董事局主席，并由CEO张勇接班。
主要针对GLP-GEfIL学生在国际社会中培养领导才能的问题，由客座教授马云主持，教室里坐满了代表日本、中国、印度和马来西亚等多元化和全球化的学生。当天的讲座以马云的丰富经验和开拓创新的知识为基础，重点介绍了他对年轻一代的启示，包括他的管理理念和如何吸引未来，之后，在场的学生从不同角度提出了一系列问题，与马云客座教授进行了热烈的交流。
马云希望通过合并四通一达，将优势互补的物流网络整合起来，提高物流效率和服务水平，同时降低物流成本。
这样一方面能够更好地支持阿里巴巴集团的电商业务需求，提升用户体验，另一方面也有助于满足消费者对物流配送的日益严苛的要求。
此外，合并后的规模更大，将更有竞争力，同时也有利于马云的物流愿景，即实现全球物流网络的构建和升级。